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Le 15 novembre 2002, Paul Reubens fut arrêté.
Des policiers de Los Angeles menaient alors une enquête sur la pédophilie et la pornographie infantile qui les mena à Paul Reubens. Ils trouvèrent chez lui de grandes quantités de documents érotiques. Il s'avéra, en fait, que Paul Reubens était un grand collectionneur de photos érotiques, de matériel vintage et de photos artistiques du même acabit. Parmi sa collection de 100 000 photos et de 650 heures de vidéo, quelques images, 25 magazines anciens et un seul film contrevenaient effectivement aux lois de la Californie concernant la pornographie infantile. Celles-ci ayant été prononcées en 1989, bien après les éléments incriminés.
Paul Reubens fut libéré après avoir payé une caution de 20 000 dollars.
En décembre 2002, il plaida non coupable et se défendit de la sorte : «One thing I want to make very, very clear, I don't want anyone for one second to think that I am titillated by images of children. It's not me. You can say lots of things about me. And you might. The public may think that I'm weird. They may think I'm crazy or anything that anyone wants to think about me. That's all fine. As long as of the things you're not thinking about me is that I'm a pedophile. Because that's not true. »
En mars 2004, il plaida coupable des accusations d'indécence en échange de quoi les charges pour pornographie infantile furent abandonnées. Il fut condamné à payer 100 dollars d'amende, à suivre un programme de réhabilitation psychologique pendant un an, à s'enregistrer auprès de la police à chacun de ses déplacements et fut interdit d'être en compagnie d'un mineur sans la permission de ses parents. Et ce pendant 3 ans.
Sa collection ne lui fut rendue qu'en partie. Tous les élements à connotation sexuelle ayant été détruits.